با وجود انتقادها درباره ارسال پیام تسلیت کشورها، سازمان‌ها و نهادهای بین‌المللی به درگذشت ابراهیم رئیسی، رئیس جمهوری پیشین ایران و هئیت همراهش، مجمع عمومی سازمان ملل متحد اعلام کرد که در روز ۱۰ خرداد مجلس یادبودی به همین مناسبت برگزار خواهد کرد.
شیرین عبادی، وکیل دادگستری و نخستین برنده ایرانی جایزه نوبل صلح، روز جمعه ۴ خرداد در پستی در حساب کاربری خود در اینستاگرام این «ادعای احتمالی سازمان ملل متحد» را که برگزاری مراسم یادبود مختص عالی‌ترین مقام هر کشور است، برخلاف پروتکل‌های این سازمان دانست.
او در این زمینه توضیح داده است: «اقدام این نهاد سازمان ملل در حالی است که کمیته حقیقت‌یاب این سازمان به تازگی خشونت‌های اعمال شده توسط جمهوری اسلامی را در سطح «جنایت علیه بشریت» برشمرده و گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل متحد نیز سال‌هاست در مورد نقض گسترده حقوق بشر در ایران اطلاع‌رسانی می‌کند.»
این حقوقدان و فعال حقوق بشر از دبیرکل و رئیس مجمع عمومی سازمان ملل متحد خواسته ابراهیم رئیسی را آن‌طور که مردم ایران پس از مرگش «جلاد ایران» و «قصاب تهران» خطاب می‌کنند به رسمیت بشناسند و نهادها و کمیته‌های زیر دست خود از جمله کمیته حقیقت‌یاب را «به سخره نگیرند».
او با اشاره به اینکه علی خامنه‌ای عالی‌ترین مقام سیاسی و نظامی در جمهوری اسلامی است خطاب به سازمان ملل متحد نوشته است: «هر وقت علی خامنه‌ای مُرد» سازمان ملل می‌تواند «مراسم چهارگانه همراه با صدام حسین، معمر قذافی و هیتلر» برای او برگزار کند.
خانم عبادی نوشته «پرونده جمهوری اسلامی بسیار سیاه‌تر و ننگین‌تر از آن است که بتوان از آن در جایی که ردی از عدل و انصاف و وجدان وجود داشته باشد، برای مسئولانش یادبود و بزرگداشت برپا کرد».
منتقدان و مخالفان حکومت ایران در این سال‌ها، به دلیل مشارکت ابراهیم رئیسی در اعدام‌های تابستان ۶۷ از او به عنوان «آیت‌الله اعدام» یا «آیت‌الله قتل‌عام» نام برده‌اند.
در سپتامبر ۲۰۲۰ گروهی متشکل از هفت گزارشگر ویژه سازمان ملل در نامه‌ای به دولت ایران برای پاسخگویی در مورد اعدام‌ها دهه ۶۰ تاکید کردند که «وضعیت ممکن است به جنایت علیه بشریت تبدیل شود».
یک هیئت مستقل حقیقت‌یاب سازمان ملل نیز در اوایل سال جاری میلادی اعلام کرد دولت رئیسی از طریق «سرکوب خشونت آمیز» اعتراضات موسوم به «زن، زندگی، آزادی» و تبعیض علیه زنان مرتکب جنایات علیه بشریت شده است.
فعالان حقوق بشر و اپوزیسیون در تبعید ایران پس از سقوط هلیکوپتر ابراهیم رئیسی و همراهانش که به کشته شدن آن‌ها منجر شد، از مرگ ابراهیم رئیسی پیش از محاکمه به‌خاطر «جنایت علیه بشریت» ابراز تأسف کردند.
ابراهیم رئیسی در سرکوب اعتراضات سال ۱۳۸۸، اعتراضات متعدد دهه ۱۳۹۰ و نیز سانسور مطبوعات و اینترنت نقش داشته اما خود مدعی بود هیچ روزنامه یا سایت اینترنتی در دوره او توقیف یا مسدود نشده است.
سازمان عفو بین‌الملل پس از درگذشت او اعلام کرد که مرگ رئیس‌جمهور سابق جمهوری اسلامی، نباید مطالبه پاسخگویی را از قربانیان «میراث شوم» حقوق بشری او سلب کند.