جمعی از شاگردان محمد علی طاهری در نامه های جداگانه به سی و شش ائمه جمعه در شهرها و شهرستان های سراسر کشور در دو نوبت و به تاریخهای بیست و نهم و سی ام فروردین از ظلم های روا شده به معلم معنوی خود گفته اند و همچنین به همراه این نامه علنا اعلام کرده اند که این حرکت نوعی اتمام حجت می باشد.
رسیدهای پستی و تصویر و متن کامل نامه که توسط یکی از شاگردان محمد علی طاهری در اختیار رادیو فرهنگ قرار گرفته در آرشیو رادیو موجود می باشد و در ادامه به بخش هایی از این نامه اشاره می کنیم:
شاگردان محمد علی طاهری در این نامه از مورد ظلم و عتاب قرار گرفتن و سلطه گری ها و قدرت سپاه پاسداران گفته اند و اذعان داشته اند که ما جمعی از شاگردان استاد محمد علی طاهری که بنیانگذار دو طب فرادرمانی و سایمنتولوژی که با مجوزهای ارائه شده و مدارک کسب شده ی معتبر قانونی در بین اقشار مختلف شروع به فعالیت کردند ، هستیم .
در ادامه نامه آمده است که ایشان از سال یک هزار و سیصد و هشتاد و چهار خورشیدی به واسطه ی جذب زیادی از محققین و پژوهشگران و تحصیلکردگان رشته هایی همچون علوم پزشکی ، علوم انسانی ، علوم فیزیکی و علوم دیگر به این مکتب فکری و طب های مکمل مذکور و به واسطه ی اجرا و عملی کردن نظریه های خود که عبارت بودند از ترمیم و اصلاح بنیاد نرم افزاری در وجود انسان و نیز بنا بر ادعایی که کرده بودند نظریات خود را بر روی معتادین به مرحله ی اجرا در آورده و از تعداد بسیار کمپِ اعتیادی که تشکیل دادند همه ی بیماران معتاد به هر نوع مخدر بدون ذره ایی آسیب روحی و روانی و بدون بازگشت و همگی بلااستثناء درمان شده و به بطن جامعه بازگشتند ، همزمان از سوی دیگر مراکزی برای درمان طب های مکمل تشکیل شد که در آنجا هم بیماران لاعلاج و درمانده ایی که علم پزشکی دیگر پاسخی برایشان نداشت و آنها را از داده های پزشکی نا اُمید کرده بود، هفتاد درصد بهبودی کامل نصیبشان شد و این به مذاق مافیای مخدر و مافیای دارو خوش نیامده و با کمک مافیای قدرت دست به دست هم شروع به سمپاشی و حرف های ضد و نقیض و پر از حاشیه برای این استاد فرهیخته با هدف حذف اجتماعی و بعدأ حذف فیزیکی ایشان و تیرهای سوءظن را به سمت ایشان نشانه گیری کردند .
در سال یک هزار و سیصد و هشتاد و شش خورشیدی کمیسیون امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران در جلسات محرمانه ی خود و به توصیه ی لابی های اطلاعاتی ، برخورد حذفی با این فرد و این موسسه ی علمی عرفانی را در دستور کار خود قرار داده و از همان سال با حذف کلاسها و کمپ های اعتیاد ،مخالفت خود را آغاز و حذف ریشه ایی آنها با دستگیری این مرد مومن و متعهد و شاگردانش شروع کردند .
محمد علی طاهری در بیست و نهم فروردین یک هزار و سیصد و هشتاد و نه خورشیدی توسط نیروهای اطلاعات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به اتهام تهدید علیه امنیت ملی ، در منزل شخصی اش دستگیر و بر خلاف قوانین حقوقی شصت و شش روز در سلول انفرادی و بدون هیچگونه ارتباط با وکیل پرونده و اعضای خانواده در بازداشت به سر می برد بلافاصله مسموم کنندگان و قدرت های مافیایی با اسلحه ی رسانه و وبلاگ نویسی های مغرضانه ی مهندسی شده، در بازه های زمانی کوتاه شروع به تخریب شخصیتی ایشان نموده و در رسانه های قدرتمند اما بی در و پیکر هر آنچه از ذهن های مسموم و فاسد و منفعت طلب و پول پرست بی ایمانشان جاری می شد را عنوان کرده و بر پرونده ی استاد محمد علی طاهری می افزودند و خجالت نمی کشیدند و اِبا نمی کردند.
در ادامه به سادگی هر چه تمام تر در همین نامه اشاره شده است که شاگردان محمد علی طاهری فقط محقق و پژوهشگر بوده و درباره ی علوم گوناگون بنا به اختیار خود در حال تفحص و جستجو بوده اند که جایگاه این نحوه تفکر زندانها و کلانتریها و دادگاه ها نیست و اخطار داده شده که اگر دیر بجنبیم روزی دوباره چشم باز می کنیم و می بینیم این علوم در اختیار کشوری دیگر است و باید برای استفاده از این علم، تاوان بسیار پرداخت کنیم علمی که از ابتدای پیدایش برای ایرانیان بوده است .
به پیوست این نامه همچنین کتابی را که خانم زهرا شفیعی از شاگردان محمد علی طاهری خطاب به دانشمند مشهور استیون هاوکینگ، نگاشته و همراه نامه ها ارسال گردیده ؛ کتاب مذکور در واقع پاسخ به شبهات و سوالات مبهم علمی است که هنوز دانشمندان برای آنها پاسخی در خور و مناسب نیافته اند.