با وجود طی شدن یک سوم از حکم رضا آقاخانی فعال ملی و مذهبی، وزارت اطلاعات با آزادی مشروط این زندانی سیاسی مخالفت کرد.
بنقل کلمه،: علیرغم مشکلات پزشکی که خانواده‌ی این زندانی سیاسی با آن درگیر است (معلولیت جسمی حرکتی فرزندش و پیوند کبد همسر) با درخواست آزادی مشروط او موافقت نشد .
دادیار دادستان علت این امر را مخالفت ضابط(کارشناس وزارت اطلاعات )عنوان کرد.
پیش از این نیز شعبه ۳۸ دیوان عالی کشور درخواست اعاده دادرسی رضا آقاخانی فعال ملی مذهبی را رد کرد.
رضا آقاخانی به سه سال حبس محکوم شده بود. حکم زندان این عضو شورای فعالان ملی مذهبی در مرداد ماه ۱۳۹۴ با وجود بررسی در دیوان عالی کشور سرانجام تایید شد.
رضا آقا خانی پیش از این سوی شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب به دلیل عضویت درآنچه که دادگاه ” گروهک غیر قانونی ملی مذهبی” نامیده و همچنین اجتماع و تبانی به قصد بر هم زدن امنیت ملی محکوم شده بود که این حکم سه سال زندان از سوی شعبه ۳۴ دادگاه تجدید نظرهم تایید شد.
این فعال با سابقه ملی-مذهبی ایران خرداد ماه سال ۹۲ به مدت ۴۵ روز به صورت موقت بازداشت شده بود. وی همچنین در سال های شصت نیز چند سال حبس را به خاطر فعالیت های سیاسی اش تحمل کرده است.