سازمان پزشکی قانونی شهر قم، در روز دهم اردیبهشت برای چندمین بار، رای بر عدم توانایی تحمل زندان توسط این استاد سطوح عالی حوزههای علمیه را صادر کرده است.
آیتالله نکونام به جرم “مرجعیت مستقل”، “عدم پذیرش مراجع تقلید وابسته”، “تلاش برای ایجاد یک رنسانس علمی(لزوم تحول علمی و معنوی) در حوزههای علمیه” که دادگاه ویژه روحانیت از آن به براندازی حوزه های علمیه یاد کرده است” و “ترسیم چگونگی، حدود و اختیارات ولی فقیه” در دو سال درس خارج فقه خود، به دو سال حبس تعزیری در دادگاه بدوی محکوم شد که این محکومیت فرمایشی، در پی شکایت وی از آیتالله مکارم شیرازی، به پنج سال حبس تعزیری افزایش یافت.